先将白砂糖、稳定剂、乳化剂与整合剂等一起拌和均匀，加入70~80℃的热水中充分溶解，经杀菌、冷却后，同果汁、酸味剂一起与发酵乳混合并搅拌，最后加入香精等。在乳酸菌饮料中最常使用的稳定剂是纯果胶或与其他稳定剂的复合物。
通常果胶对酪蛋白颗粒具有最佳的稳定性，这是因为果胶是一种聚半乳糖醛酸，在pH值为中性和酸性时带负电荷，将果胶加入到酸乳中时，它会附着于酪蛋白颗粒的表面，使酪蛋白颗粒带负电荷。由于同性电荷互相，可避免酪蛋白颗粒间相互聚合成大颗粒而产生沉淀，考虑到果胶在使用过程中的降解趋势以及它在pH值4时稳定性最佳的特点，因此，杀菌前一般将乳酸苗饮料的pH值调整为3.8~4.2。
发酵调配后的杀菌目的是延长饮料的保存期。经合理杀菌、无菌灌装后的饮料，其保存期可达3~6个月。由于乳酸菌饮料属于高酸食品，故采用高温短时巴氏杀菌即可得到商业无菌，也可采用更高的杀菌条件如95~105℃，30s或110℃，4s.生产厂家可根据自己的实际情况，对以上杀菌制度作相应的调整，对塑料瓶包装的产品来说，一般灌装后采用95~98℃，20一30min的杀菌条件，然后进行冷却。
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